Az Áfatörvény 3. § b) pontja alapján az Áfatörvény rendelkezéseit 2017. július 1-től a Jöt. hatálya alá tartozó, zárjeggyel ellátott dohánygyártmányokra abban az esetben kell alkalmazni, ha arról a Jöt. kifejezetten rendelkezik. A Jöt. 147. §-a a zárjeggyel ellátott dohánygyártmányok általános forgalmi adóztatására vonatkozik.
A nem zárjegyköteles dohánygyártmányok általános forgalmi adózásával kapcsolatban nem a Jöt., hanem az Áfatörvény általános szabályai szerint kell eljárni. A zárjegyköteles dohánygyártmányok körét és az alóli kivételeket a Jöt. 74. § (1) bekezdése határozza meg.
2017. július 1-től kizárólag a zárjegyköteles dohánygyártmányok általános forgalmi adózásával kapcsolatban kell az Áfatörvény helyett a Jöt. előírásai szerint eljárni, illetve a nem zárjegyköteles dohánygyártmányok általános forgalmi adózásával kapcsolatban nem a Jöt., hanem az Áfatörvény általános szabályai szerint kell eljárni. Fentiekre tekintettel a nem zárjegyköteles dohánygyártmányok tekintetében nem alkalmazható a Jöt. 145. § (3) és (4) bekezdése.

A Dohánytörvény 15. § (1) és (3) bekezdései meghatározzák, hogy a dohánytermék-kiskereskedő dohánytermék-kiskereskedelmi értékesítési célból Magyarországon szabadforgalomba bocsátott dohányterméket kizárólag a dohány-kiskereskedelmi ellátótól vásárolhat (szerezhet be); az ezzel ellentétes jogügylet semmis. Az előzőekben foglaltaktól eltérően a dohánytermék-kiskereskedelmet folytató a dohánytermék-kiskereskedelmi jogosultsága megszűnését követő 60 napon belül jogosult a készletében lévő dohányterméket más dohánytermék-kiskereskedelmi jogosultsággal rendelkező részére értékesíteni.

E kérdés kapcsán a jövedéki jogszabályok is irányadók. A Jöt. csak azokban a kivételes esetekben teremti meg a dohányboltok jövedéki termékeinek (többek között dohánygyártmányainak) egymás közötti áruátadását, értékesítését, apportálását, ha az nem rendszeresen történik.
Fontos a Dohánytörvény 22. § (3) bekezdése, miszerint aki a Dohánytörvényben „foglaltak ellenére dohánytermék-kiskereskedelmi jogosultság, vagy engedély nélkül folytat dohányáru üzletszerű értékesítésére vonatkozó tevékenységet, úgy őt a vámhatóság 5 milliótól 500 millió forintig terjedő bírsággal sújthatja.”
A dohánytermék-kiskereskedelmi tevékenység megszűnését követően a készleten maradt dohányterméket:

• visszáruztatja,
• jogszerűen birtokolhatja,
• megsemmisítheti,